高效色谱柱是高效液相色谱的心脏，在高效液相色谱仪的使用中，保持色谱柱的柱效、容量和渗透特性，延长柱子的使用寿命非常重要。色谱柱使用时间后就会出现柱压升高、柱效降低、峰形畸变和分离度降低、保留时间改变等变化，如不采取措施，将会缩短色谱柱的使用寿命，影响工作效率，并造成一定的经济损失。因此，有必要加强和规范色谱柱的管理，从而延长色谱柱的使用寿命。
常用的色谱柱填充剂有硅胶和化学键合硅胶、离子交换树脂、凝胶或玻璃微球等填充剂。在化学键合硅胶中以十六烷基硅烷键合硅胶*常用，辛基硅烷键合硅胶次之，氰基或氨基键合硅胶也有使用。近年来，由于蛋白质等生物大分子物质分离提纯技术的飞速发展，离子交换色谱柱、凝胶色谱柱的应用也越来越广。
色谱柱的管理
制定色谱柱管理的标准操作规程并严格执行。每一根新购进的色谱柱必须造册登记，内容包括:生产公司、品名、型号、规格、购进时间、启用时间、单价、柱内保护溶液等。色谱柱分类存放，硅胶柱、化学键合硅胶柱、氰基或氨基柱、离子交换树脂柱、凝胶柱各用一个色谱柱盒，盒上贴上标签，注明类别。
随柱说明书装入密实袋附在登记本上。每启用一根色谱柱，在色谱柱上贴上标签，注明启用日期。每根柱子每两个月保养一次，特别是对于一些使用频率少的柱子，因为放置时间长，容易干柱，每一次做好保养记录。
对于确已失效的柱子，做好停用记录，不能随意丢弃，专门存放，如果现用的柱子的填料需要填补，可以用存放的柱子的填料。在从事生产的单位的质检部门，对于使用时间较长柱效降低的柱子，可把它用于检测产品的中间体。
色谱柱的保养
色谱柱使用一段时间后，常遇到柱子被污染，柱效会有一定程度的下降，采用适当的方法对色谱柱进行保护，可以延长色谱柱的使用寿命。样品和流动相的处理:溶解的样品进样前用滤膜过滤，以除去不溶物。
如果必要，需进行样品的预处理。流动相中如有不纯物质将影响柱效，所以溶剂尽量使用色谱级别的，至少是分析纯级别，流动相使用前用微孔薄膜过滤。在流动相的输液管前安装过滤器。过滤器定期用甲醇超声清洗，如果效果不好，可用10%的稀硝酸浸泡清洗。对于堵塞严重的过滤器，可在火焰上灼烧后再清洗。