荧光显微镜是通用分分析仪器中一种特殊的仪器，我们在使用过程中，*好不要改变程序，严格按照说明书进行操作。除此之外，荧光显微镜的使用环境也相当重要，这种特定的环境是要保持室内光线较暗，在暗室内进行观察和使用。
我们在仪器使用前，要对其进行相应的检测，所以对于光源的调整就变得尤为重要。通常我们应戴上防护眼镜来进行调整，这是为避免紫外线对眼镜的伤害，而每次的检查时间不宜超过2小时，做好保持在1-2小时之间，这是因为荧光会随着超高压汞灯发光强度的下降而减弱，标本受到长时间照射后也会使荧光明显减弱，从而影响显微镜的使用效果。
*后要注意的是，分析仪器荧光显微镜的光源也是需要保护的，在天气较热的情况下，采取必要的散热降温的措施相对重要，这样才可使观察顺利进行。