在新色谱柱使用之前，如欲对其性能进行检测，应放入本身的液相色谱仪仪器上进行。色谱柱在使用一段时间后，需要阶段性对其进行测试。而在使用中，常出现堵塞现象，主要原因有：①溶剂中或样品中有不溶物
③泵进样器等中存在不溶物
④柱内形成不溶物
色谱柱在堵塞后，会严重影响液相色谱仪仪器的使用，接下来对具体修复方法做详细介绍：
1、使用含盐缓冲液后，应用溶解性强的溶剂进行冲洗。
2、断开检测器，对来自样品中的物质有强溶解性的溶剂进行冲洗，避免溶剂的pH低于2或高于8。
3、断开检测器，将色谱柱反方向放置，检查柱压，若压力稳定下降，则保持色谱柱反方向连接，使用低于0.5ml/min流速冲洗一小时。相反，压力不下降，就要看内置过滤器是否有堵塞，堵塞则进行冲洗或更换，而堵塞是在进口端发生，柱子将不可能被彻底恢复，只能通过去掉进口端的部分填料，重新填充进行有限的柱效恢复。而且修复的厚度是2-5mm。