对巴氏杀菌设备及其管路一般建议采用以下的清洗程序
①用水预冲洗5～8min。
②用75～78℃热碱性洗涤剂（若浓度为1.2％～1.5％氢氧化钠溶液）循环15～20min。
③用水冲洗5min。
④用65～70℃酸性洗涤剂（若浓度为0.8％～1.0％的硝酸溶液或2.0％的磷酸溶液）循环15～20min。
⑤用水冲洗5 min。