真空机组设计中常会碰到一些特殊工况条件，设计中必须采用一定措施才能满足使用条件，常见的特殊工况及设计处理方法如下。
①抽除含有大量水蒸气的混合气体，或者类似具有较高蒸气压的气体，如:乙醉、卤代烃等。抽除这类气体采用罗茨泵与水环泵的机组或者是罗茨泵与气冷直排大气罗茨泵的机组均可。但是，只要被抽气体成分不破坏前级泵油，抽除这类气体*经济的设计选择是罗茨泵与旋片泵组成的机组，在罗茨泵的进出口分别串联冷却器，使大量过饱和蒸汽在冷却器中冷凝下来排走，如果前级泵采用像X-150单级旋片真空泵这种热泵，机组适用性更强。
②对抽除高沸点物质的气体，如:丙三醇(C3H8O3)等气体，为避免这类气体进入罗茨泵凝结沉积下来，必须提高罗茨泵的温度，如充入高温加热的氮气来提高泵温。但应防止转子因过热而卡死。
③*多见的特殊工况是抽除含有大量灰分或颗粒状杂质的气体，一般处理方法均应在机组入口前加装除尘器，除尘器的选择应根据气体含尘量多少和尘粒大小等因素，并注意除尘器在结构设计上保证既要达到除尘目的，又要减少通导能力的损失。