感染性动物模型毕竟是利用动物，通过人工方式感染，进行模拟研究，尤其是人源性病原体感染动物，往往不会得到和人相同的病程，这也是感染性动物模型的局限性，在实验动物模型得到的研究结果经过慎重的对比才能外推到人类。感染性动物模型的局限性包括以下几个方面：
1、动物的种类和等级的限制等因素影响动物模型
不同动物遗传和生物学特性不同，对病原的感染性会有不同表现，不同种属、品种、品系的动物其个体差异也会影响模型的一致性。如：禽流感病毒H5N1，可感染小鼠、大鼠、猕猴、食蟹猴、雪貂等不同动物，但其致病性在不同动物有所差异，国外一般推荐使用雪貂作为模型，认为**过程和患者类似。动物的微生物和寄生虫携带情况，即微生物学等级，也影响模拟制备，一般推荐无特殊病原体(SPF)动物用于模型制备，影响因素较小。
2、病原的生物学特性、活化程度、来源、培养、量化等影响模型的制备
标准病原株、地方株等生物学特性，病原的培养条件，活性，其他微生物污染干扰等也影响模型制备，病原在动物体内，受到**等阻力，也会相应通过变异等方式改变生物学特性，从而造成和从人类体内分离的病原的差异。
3、方法学不同或实验室不具备的方法条件会影响模型的指标确定
很多病原存在不同途径感染问题，选择的感染途径可能不是理想途径，有些病原需要定量检测、病理活检等实验室条件达不到要求，从而影响模型的完整性。生物**要求的实验室条件下，和普通实验室条件下的动物模型也会出现不同，如艾滋病灵长类模型动物（SIV / SAIDS）在生物**三级实验室不会出现像普通环境下的后期严重复合感染情况。
4、动物和人体存在差异，可能使得病原在不同机体表现不同
人类在遗传背景、生理基础、生活环境等方面和动物都有的区别，选择在进化树和人类接近的动物，可能更能表现出**的类似性，即机体的反应性。但这不是优良的，病原和不同动物长期相伴，形成了复杂的相互关系，具备了稳固抵抗模式，需要根据不同的病原作深入的比较，才能制备理想的模型。
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