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CASP免费彗星分析软件的使用介绍
彗星试验(
Comet assay
)
,
又称单细胞凝胶电泳技术(
Single cell gel electrophoresis, SCGE
),
是在核酸沉淀法(
Nucleoid sedimentation
)和晕圈分析(
Holo assay
)等检测技术基础上逐步发展起来的一种在单细胞水平检测有核细胞
DNA
断裂的新技术。它主要包括
Olive
等建立的测定
DNA
双链断裂的中性单细胞凝胶电泳技术和
Singh
等建立的测定
DNA
单链断裂的碱性单细胞凝胶电泳技术。此技术已经被广泛应用于放射生物学、
DNA
断裂与修复、毒理学、肿瘤**评价、细胞凋亡等领域的研究。
随着
SCGE
技术的发展,可测量的指标也越来越多,而且更准确。目前,用于
SCGE
分析的指标主要分为四类,包括形状指标、距离指标、强度指标和矩类指标。其中形状指标有彗星细胞率;距离指标包括彗星尾长、彗星全长、彗星头部半径、尾部半径;强度指标包括头部
DNA
百分含量、尾部
DNA
百分含量、头部面积、尾部面积等;矩类指标包括尾矩、
Olive
尾矩等。
新近研发的彗星分析软件
(
Comet Assay Software Project, CASP
)是一套仅用分析的独立版本软件,可以对用户获得的彗星试验图片进行独立分析。该软件可以在常用电脑上运行,界面友好,使用方便,分析速度快,可以一次同时给出*多达
13
个指标,分析结果避免了人为误差,更加客观和准确,结果可以以
.txt
文件直接输出,
SPSS
等统计软件可以直接读取其输出结果,便于统计学分析,是一套非常好的免费彗星分析研究软件。下面我们通过对CASP软件的安装及应用情况展开
CASP免费彗星分析软件的使用介绍。
CASP免费彗星分析软件的使用介绍主要包括两部分,1、CASP软件免费下载安装;2、CASP软件使用详细图解。
CASP
软件免费下载安装
:
的工作界面登录
www.bio-launching.com
网站”资料下载” 单元下载CASP彗星分析软件(免费版)压缩包,解压缩后,即可看到CASP彗星分析软件(免费版)应用程序,打开即可使用。
CASP
软件使用详细图解
:
一、 这是该软件的工作界面,注意箭头所指的几个按钮,主要用这几个按钮工作。
二、 单击红色箭头所指按钮,即打开文件,注意图像文件应是TIF格式,(蓝色圈定所指),按住SHIFT键,可以同时选定多个文件,点击OK,(绿色圈定),CASP软件就读入了您所选的图像文件。
三、 点击view下拉菜单,选红色箭头所指的”result window",在分析后您就可以看到您的结果窗口,绿色箭头所指是我做的彗星图像。
四、 下面就可以开始分析了,分析之前*好把右侧的head 和tail选中,(绿色箭头所指,这样可以出现头、尾分明的视觉效果,如图),在图像分析框内按住左键下拉,出现黄色箭头所指的框,这个框一定要圈住整个要分析的一个彗星图像,然后就是用到红色圈定区域的 按钮了,我分别做了标号,逐一解释:1和2:可以选前或后面的图像进行分析,即上一个和下一个的功能,分析完**个,当然要选下一个分析,很简单!!!
3:这是分析的功能键,黄色箭头所指的框圈住彗星后,点击此按钮就可以分析了。
4:每分析完一个彗星后,都要点击一下它,它会把结果数据保存到结果窗口,点击后,它会变灰。(这很关键)。
5:背景选择按钮,点击它,框的背景会上下变化,(注意黄色箭头所指的框,较小的框是背景框,较大的是工作框,这两个框在分析之前是可以调整的,一般工作框要大于背景框。
6:正式分析前一定要点击它,否则没有结果,如果不点击它,只是预分析状态,在这种状态下,可以把分析条件调好,然后进入正式分析,点击它后,此钮上会出现一斜杠。(如图)。
蓝色箭头所指区域是分析后的曲线,主曲线是单峰,如果是双峰,就是凋亡细胞。曲线图下面列举了几个数据,不全,全部结果在结果窗口。(下图)
五、 分析过程中或分析完成后,都可以看您的 result窗口,如图,将图像分析窗口*小化(红色箭头),就显示出结果窗口(绿色箭头),从左到右依次是文件名(name)和分析的各个指标。
六、 分析完成后,别忘了输出结果,点file下拉菜单,选红色箭头所指区域的“输出结果”,将会出现第七步的图像。
七、 选输出结果后,出现如下的结果输出窗口,(黄**域),先建立一个文件夹用于保存您的结果文件,也就是给您的结果安个窝,呵呵,好了,给您的文件取个名字吧,别忘了它的扩展名是.txt,点击OK!
八、 找到您保存的结果文件,我刚才保存的是1.txt,打开看看,结果好像有点乱,怎么办?且看下回分解。
九、 没关系,把结果稍微调整一下就好看了,(要把结果直接转入SPSS统计软件分析,必须做调整!!!)。调整文本框的宽度(绿色箭头处),把分析的指标都放到**行,可是各个指标的英文单词比较长,简化一下,如:taillength 变成tl,cometlength变成cl,红色圈定区,我不再一一赘述。调整后,左侧就是图像的name,向右依次是各个指标的数据,注意!!!各个指标名和数据之间一定要有空格相隔!!!否则无法转入SPSS统计软件!
十、 后面的工作就是如何使用SPSS统计分析了,DXY好像有专门板块介绍,我就不说了,如有疑问再做解释。
十一、 附凋亡细胞分析图像.jpg
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