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根据数据显示方式不同可分为两大类：自带屏幕数码显微镜和采用计算机显示的数码显微镜。

自带屏幕数码显微镜，又可分为三类，

1.台式数码显微镜；

2.便携式数码显微镜；

3.无线数码显微镜；

台式数码显微镜的主要特点是放大倍率相对较高，可以与电子显微镜媲美；便携式数码显微镜追求的是随处可显微，讲究小巧，其现市场上*具代表性的是3R推出的MSA200视频显微镜；无线显微镜其应用的是2.4G无线传输，追求快捷方便，其现只有3R推出的一款WM401无线显微镜；

采用计算机显示的数码显微镜通过显微镜内置的摄像机将显微镜看到的标本图像传输到计算机上，通过计算机上安装的显微图像分析软件进行追踪分析，从而获得一系列有价值的定性定量数据。主要用于微生物鉴定、细胞形态检查、尿液有形成份分析、纤维细度检测等方面。具有全自动扫描、图像分析功能强、拓展性强等诸多特点。

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