无尘车间的能源消耗非常大，平常要使用空气净化空调系统来维持生产环境所必需的空气洁净度、压差、温度等。还要使用通风系统，提供全室的送风、排风工作，更换空气提供新鲜的空气，无尘车间中是密封空间，工作人员在工作时要保证有足够的氧气进行呼吸。无尘车间内的生产设备所需要的电力等。
无尘车间的消耗很大，所以很多厂家在建造时都以实用节能为基础，需要精心设计、周密的规划，尽可能的降低无尘车间的建造成本和能耗大的问题，有调查表明，在环境洁净度相同的情况下，设计精密，实用的无尘车间要比一般的无尘车间的能耗比例是1/2的比率。