通风柜的结构是上下式，其顶部有排气孔，可安装风机。上柜中有导流板，电路控制触摸开关，电源插座等 ，透视窗采用钢化玻璃，可左右或上下移动。供人操作。下柜采用实验边台样式，上面有台面，下面是柜体。台面可安装小水杯和龙头。
通风柜的材料由多种的，全钢、钢木、全木、铝木、塑钢、PVC结构等，其台面是直接与操作者接触的地方，由实芯理化板，不锈钢板，PVC，陶瓷等材料组成。 旧式通风柜多用木材制成，但现代多为涂有环氧树脂的钢材制造。常见柜宽为1000、1200、1500、1800和2000毫米几个规格，深700-900毫米，高1900-2400毫米。可供1-3个人同时使用。 通风柜一般靠墙安装。
前方中间为可上下移动的透明门（多为玻璃），开启高度一般为100-600毫米。门后为实验进行的工作面，有水管、下水道、电源、真空泵、气路管线等实验需要的连接，上有带保护罩的灯照明。空气由柜内前上方的排风扇抽走后，或经管道引到别处（称为全通风），或经过滤重新循环使用（成为无管通风）。
多数通风柜在（1）排气量过小（2）前方玻璃门开启过大的时候会发出警报，提醒操作者注意。内部的排风扇速度和灯都有开关可调。
使用的时候人站或坐于柜前，将玻璃门尽量放低，手通过门下伸进柜内进行实验。由于排风扇通过开启的门向内抽气，在正常情况下有害气体不会大量溢出。
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