我们在选择荧光显微镜的光源时，要注意的是弧光的尺寸，就是光源发光区的大小，例如50W的汞灯，它的弧光尺寸为110X0.13MM， 200W的弧光尺寸为212X0.15MM，而100W的弧光尺寸为0.125×0.125m，能否正好充满系统的入瞳使光能充分的利用“对一个的荧光显微镜”以及各种倍率的物镜“光能”皆可充分有效的利用是一个值得关注的指标。在荧光显微镜设计中光源的选择在总体设计中是至关重要的，它决定了仪器的使用范围和成本，也反映了仪器的档次。实验室以上的显微镜应以汞灯为主光源，简易型(专用) 的显微镜则常用以卤素灯作为主光源。
其次我们还要考虑的问题就是它的功率是采用大功率的灯泡，还是选择低瓦数的灯泡呢? 原则上讲应尽可能选用低瓦数的光源，无疑这对结构设计和成本是有利的。但过低的瓦数在激发时不能激发出荧光或者发出的荧光不稳定，就不能使用了。但是能否激发出荧光又与整个成像系统的光能利用有关系。 如何能充分合理有效地利用光能，瓦数是可以降下来，但是如果我们单纯地追求大功率光源作为荧光检测并不可取， 因为它会引发荧光的衰减和猝灭。当前供应的落射荧光显微镜仅配备100W 的汞灯或氙灯和卤素灯。
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