流式细胞仪根据功能不同分为临床型和综合型（也称科研型），前者不具有分选功能，后者有分选功能。流式细胞仪根据结构不同又可分为一般流式细胞仪和狭缝扫描流式细胞仪（ slit-scan flow cytometer ），一般流式细胞仪的激光光斑为椭圆形，光斑直径大于被检细胞体积，只能细胞内某种生物化学成分的参数，而不能对细胞形态以及亚细胞形态进行分辨，所以一般流式细胞仪称为零分辨率的流式系统。狭缝扫描流式细胞仪是一种高分辨率的检测仪器。激光光束为一条线状扁平的光斑，直径在 3~5um 。被检细胞直径大于激光光斑直径，当细胞通过光束时，细胞各部分被依次先后扫描，各部分的荧光信号有先后之分，就可看到一维的细胞轮廓组方图，可计算出细胞直径大小、核直径大小、核浆比例等一系列的形态学信息的定量资料。另外，狭缝扫描流式细胞仪的光信号探测器分别在 X 、 Y 、 Z 轴三个方向设置，可得到细胞的三维轮廓图。
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