荧光染料常用于荧光染料产品的制备，以及增白洗衣粉中的增白剂，指示信号用的各种荧光路标漆，荧光标志服等。
荧光染料的其他用途包括: 渗漏污水系统包括水和工业的污染物、连接系统、测量发电厂排出的液体、洗手间的渗漏、非法的连接污水管监察，研究流量和绘图，分析腐败的系统，此外还用于纤维织物印染和某些特种标志（如暗处符号）及**追踪等。
荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。其中复合荧光染料是利用荧光共振能量转移技术合成的荧光染料，由距离非常近、能量可以在彼此间传递的一个供体及一个受体荧光物分子所组成。复合染料在受体分子的激发波长被激发，在供体分子的发射波长发射一个光子。荧光染料发展非常迅速，已开发的用于科研和临床应用的荧光染料已基本覆盖了由紫外到可见光及红外的整个光谱范围。
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