选择合适的荧光探针是有效地进行实验并获取理想实验结果的保障。荧光探针的选择主要从以下几个方面考虑。
（1）仪器所采用激光器的类型：应根据仪器采用激光器的类型进行探针选择。如共聚焦激光扫描显微镜(Bio-Rad 1024，美国Bio-Rad公司产品)采用氪/氩离子激光器，激发波长为488nm，568nm，647nm，可激发多种荧光探针。
（2）荧光探针的光稳定性和光漂白性：在进行荧光定量和动态荧光监测时，要求荧光探针有较高的光稳定性，也可通过减少激光扫描次数或降低激光强度的方法，来减轻光漂白的程度。但在进行膜流动性或细胞间通讯检测时则需要荧光探针既有一定的光稳定性又要有一定的光漂白性。
（3）荧光的定性或定量：仅做荧光定性或仅是观察荧光动态变化时，选择单波长激发探针，无须制作工作曲线。做定量测量时*好选用双波长激发比率探针，利于制定工作曲线。
（4）荧光探针的特异性和毒性：尽量选用毒性小、特异性高的探针。
（5）荧光探针适用的pH：大多数情况下细胞的pH在生理条件下，但当pH不在此范围时，考虑适用该环境pH的荧光探针是有必要的。同时应注意染液自身的pH值会影响带电荷的荧光探针与胞内组分之间的结合，因此在染液的配备时须加以考虑。