花青染料通常表现出非常大的摩尔吸收率（约150000至300000M-1 cm-1）以及适度的量子产率，从而产生及其明亮的荧光信号。事实证明，花青在许多领域都非常有用，包括生物成像、细胞学、荧光技术和分析化学等，对于某些生物学应用，花青可以有利地替代其他常规染料，它们也可以应用在各种生物学。
常见的花青染料
花青染料中常使用的是发黄绿色荧光的Cy3(Ex:550nm,Em:570nm)和发红色荧光的Cy5(Ex:650nm,Em:670nm)。由于它们具有少量光谱重叠，Cy3和Cy5通常组合为2色检测。Cy3可通过各种荧光仪、成像仪器和具有TRITC标准滤波片的显微镜来检测。由于Cy5消光系数高，它以成为远红色荧光染料的流行替代品。
图为Cy3(左)、Cy5(中)、Cy7(右)的激发和发射光谱
表一.花青染料的光谱特性
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花青染料
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激发光线(nm)
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Ex/Em(nm)
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滤波片组
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消光系数
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荧光量子产率
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Cy3
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532
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554/568
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Cy3/TRITC
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150000
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0.15
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Cy5
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633-647
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650/669
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Cy5
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250000
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0.27
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Cy7
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730
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754/778
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Cy7
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250000
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0.3
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磺化与非磺化花青染料
磺化与非磺化花青染料具有非常相似的荧光特性，在许多应用中可以互换使用。它们之间的差异主要在于溶解度。磺化的为水溶性，非磺化的则为脂溶性。
表2.磺化与非磺化花青的比较
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Cy3
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Cy5
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Cy7
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形式
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磺化
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非磺化
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磺化
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非磺化
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磺化
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非磺化
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Ex/Em(nm)
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554/568
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650/669
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754/778
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滤波片组
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Cy3/TRITC
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Cy5
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Cy7
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消光系数
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150000
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140000
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250000
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230000
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250000
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250000
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荧光量子产率
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0.10
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0.07
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0.27
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0.16
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0.12
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0.2
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