随着新一代测序和生物信息学中的应用,大量环状RNA被发现并被收录到不同的数数据库中。大家都知道,circRNA与多种**相关:
1.circRNA 参于肿瘤的功能
2.circRNA 可调控miR-223而抑制心肌肥厚和心力衰竭
3.circRNA可调控miR-7而调控阿尔滋海默症,或是可通过调控miR-671而调控神经细胞的凋亡
除了小编提到的上述**,circRNA还有诸多功能,例如在血管生成、发育、老化等等。
然而面对着海量的信息,研究者该如何对circRNA进行研究?本文主要就circRNA数据库进行介绍。
CircNet:包含circRNA的可变剪接信息、在不同组织中的表达模式以及可能的调控网络。
Cir2Traits:数据库包含与各种**相关的circRNA信息。
CircInteractome:数据库包含相应的基因组序列、荧光定量检测的PCR引物信息以及各成熟circRNA的有效siRNA信息,同时CircInteractome数据库也可以用来预测RBP结合位点。
CircInteractome数据库整合的信息有以下几类:
√ Searches circRNAs name
√ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
√ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
√ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
√ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
√ Identifies miRNAs targeting a circRNA
√ Designs divergent primers for circRNAs
√ Designs siRNAs Specific to circRNA
操作方法
1、circRNA分子检索点击“circular RNA”输入“hsa_circ_0000284”点击“cricular RNA search”
2、获取circRNA详细信息:通过**步输入circRNA ID号后即可进入该环状RNA分子的详细界面,如下图。
3、circRNA的PCR引物设计:该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计,操作如下
输入circRNA分子ID号,点击divergent primers search,即可获得查询circRNA分子的junction sequence,下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行选择。
点击primer3后得到网站自动设计好的引物,具体结果见下图。
4、circRNA的siRNA干扰序列设计:该数据库还提供了针对circRNA的siRNA序列设计,非常实用。下图是软件针对“hsa_circ_0000284”设计后给出的siRNA序列