洁净厂房一般包括洁净生产区、洁净辅助间（包括人员净化用室、物料净化用室和部分生活用室等）、管理区（包括办公 、值班、管理和休息室等）、设备区（包括净化空调系统用 房间、电气用房、高纯水和高纯气用房、冷热设备用房等）。四类房间中后三类用房都是为洁净生产区服务的设施。
1、洁净生产区，这是洁净厂房的主要部分，洁净生产区的空气洁净度等级应根据产品生产工艺要求确定，这是洁净建筑设计的主要依据，为做好洁净生产区的建筑设计还应了解该产品生产的各种设计条件，如温度、湿度要求，气流流型要求，生产所需的原辅料性质和水、电、气的要求，对曝声、振动、静电等环境条件和要求等。
2、洁净辅助间，这是洁净厂房不可缺少的必备房间，这些房间的空气洁净度等级除了业主有特殊要求外，都应按｛洁净厂房设计规范》 GB 50073-2001 中的规定进行设计，在本书第2章中已有叙述。洁净辅助间对洁净厂房的平面关系密切，在进行洁净厂房建筑设计 时应予十分重视，常常会因为这部分房间的布置合适与否，对洁净厂房的建造带来影响和投产后能否满足产品生产的需要以及能否可靠地防止生产过程的百染或交叉污染。
3、设备区，即净化空调系统、公用动力系统等用房，这部分房间是情净厂房的重要组成部分，在具体洁净室工程中应在洁净厂房中设置那些房间，面积多少等都与该洁净厂房的产品生产有关，对于生产微电子产品或药品生产用洁净室的设备区用房差异很大；在洁净室设置那些设备用房与具体工程的总体规划有关，但是目前在情净厂房设计中常常将净化空调设备、供玲供热（不含锅炉房）设备和水、电设施布置在洁净室中，这样做既方便管理，又可减少管线长度等。
4、管理区，这是洁净厂房内的产品生产过程的生产管理、技术管理用房和必要的操作人员的体息、福利用房，通常应与业主共同协商确定。在具体的洁净工程的设计中，根据产品生产用原辅料的性质、数量和成品的情况，有时将仓储用房与洁净室及辅助用房组合为一幢建筑，统一进行布置。