无尘室合理的气流组织方案是减弱开门时污染物侵入的辅助手段之一。通常在靠近低级别无尘室一侧的门口设置一些回风口，以形成部分无尘室气流向门一侧运动的趋势，与无尘室在关门状态下的正压外溢气流汇成一股向门内侧运动的气流流型。一旦门开敞后，侵入的污染物向无尘室进深扩散的范围将会明显缩小。了解开门时污染侵入的风险，使一些净化车间的关键工序或污染敏感工艺与门保持合理的距离，也是必要措施之一。正常在开门状态下，都会有气流串通，这也是为什么要设计传递窗，一般尽量都不要开门。
另外防止从相邻的洁净度较低区域向无尘室传播污染的主要方法是：维持高洁净度区域相对于低洁净度区域、低洁净度区域相对于服务区域、服务区域相对于室外有一个合适的正压值。根据不同的情况，不同级别相邻房间的正压差约为5~10PA。让不同洁净度的各级房间维持梯次的压差，目的是当房间门处于关闭情况时，通过缝隙的气流流向是由**别无尘室流向低级别无尘室、由低级别无尘室流向走廊和服务区，再流向室外，这样就可减少由室外向服务区域、服务区域向低级别无尘室，低级别无尘室向**别无尘室传播空气中的悬浮污染物。