分子蒸馏是一种分离工艺，是利用液相中轻重组份分子逸出液相主体时分子自由程的差来实现分离的。而要实现分子蒸馏的基本条件是：轻组份分子逸出的分子自由程等于加热面与冷凝面的距离，能正确地达到内置冷凝器实现捕集；而重组份分子逸出的分子自由程要小于加热面与冷凝面的距离，使其不会达到内置冷凝器，也是内置冷凝器只捕集轻组份的分子，而实现轻重组份的分离。
在进行分子蒸馏之前，要认真的检查设备是否有损坏、接口是否吻合，注意拿的时候要轻拿轻放；要保持接口的清洁，可以用软布擦拭，也可以真空脂涂膜都是不错方式。设备的接口不能太紧，所以要保持松动性，否则会影响功能发挥。
开始工作时候要保持机械从低向高速运行，同时关机的话可以持机械停止了旋转方可以。每次使用分子蒸馏设备后应该及时的进行清理，保持机械的清洁干净，从而加强机械的工作性能发挥，所以定期对密封圈进行清洁是所需的保养措施，使用过程中要注意防潮防水性能，以免造成导电现象发生。
注意事项：
1.短程分子蒸馏与真空泵连接,所以开机时要特别注意检查各组件连接的密闭性;
2.进样器、1、2、3级接收瓶均是玻璃磨口,且均有掐口固定,故操作时勿过分用力
3.该设备采用外夹层循环热油加热,温度较高,切勿触碰;
4.真空泵微调阀构造主要部件为高密度不锈钢针,开启前,必须先将冷凝柱注满液氮。
5.若1天内进样量较多,建议1级接收端口连接三口旋转阀,底端使用升降架托住,设备运行中不能停机取样换瓶,若停机,则待第2天再开机。
出现紧急情况时的应急措施：
1、进样器流速失控
此时顺时针拧紧控制阀无明显改善后,切记不能过分用力旋钮,仅关闭真空泵,不要进行其他操作,及时联系仪器负责人或实验室老师进行处理;
2、刮膜器声音异常或转速不均匀连续
关闭转子和真空泵,联系仪器负责人或实验室老师进行处理;