短程蒸馏器适合于进行分子蒸馏。分子流从加热面直接到冷凝器表面。
分子蒸馏过程可发如下四步：
1.分子从液相主体向蒸发表面扩散。通常，液相中的扩散速度是控制分子蒸馏速度的主要因素，所以应尽量减薄液层厚度及强化液层的流动。
2.分子在液层表面上的自由蒸发。蒸发速度随着温度的升高而上升，但分离因素有时却随着温度的升高而降低，所以，应以被加工物质的热稳定性为前提，选择经济合理的蒸馏温度。
3.分子从蒸发表面向冷凝面飞射。蒸气分子从蒸发面向冷凝面飞射的过程中，可能彼此相互碰撞，也可能和残存于两面之间的空气分子发生碰撞。由于蒸发分子远重于空气分子，且大都具有相同的运动方向，所以它们自身碰撞对飞射方向和蒸发速度影响不大。
4.残气分子在两面间呈杂乱无章的热运动状态，故残气分子数目的多少是影响飞射方向和蒸发速度的主要因素。分子在冷凝面上冷凝，只要确保冷热两面间有足够的温度差（一般为70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑则认为冷凝步骤可以在瞬间完成，所以选择合理冷凝器的形式相当重要。
注意事项：
1.检查冷却水进出口阀门是否正常开启，压力是否正常。
2.检查各组件冷却水的进出口阀门是否处于开启状态。
3.设备采用热油加热，温度较高，切勿用手触碰。
4.检查低温恒温槽中的乙醇是否足够
5.注意液氮桶内液氮是否充足。
6.检查冷井与设备连接是否密闭。