半定量RT-PCR技术服务|实验技术服务

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测序实验流程：
半定量RT-PCR参照的做法一般有两种:
1) 将要比较的两个样品的BETA-ACTIN 调成一样的亮度，然后就可以直接比较目的基因的亮度了。方法的结果比较直观，但较费事。
2) 不进行调平，一个样品里将目的基因和BETA-ACTIN直接比较，用软件就可以做到，然后将不同样品的这个比值进行比较就可以了。方法比较简单，但结果不够直观。
1.每个标本都要做自己的内参，不能用同一个内参!
2.每个标本在实际做前都要摸*佳循环数，包括内参，但内参的循环数不一定要和目的基因一样，都要选择上升期的中间数作为*佳循环数，否则进入平台期就没有可比性了!所以内参要有它自己的*佳循环数!
3.电泳扫描后，计算灰度值，先用同一标本的内参和目的进行比较，然后用这个相对值再去和其他你所要比较的平行组进行比较，一般每组4个样本以上。
1 样品RNA的抽提
①取冻存已裂解的细胞，室温放置5分钟使其完全溶解。
②两相分离 每1ml的TRIZOL试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿，盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后，15到30℃孵育2到3分钟。4℃下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相，中间层以及无色水相上层。RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的TRIZOL试剂的60%。
③RNA沉淀 将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA，混匀后15到30℃孵育10分钟后，于4℃下12000rpm 离心10分钟。此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。
④RNA清洗 移去上清液，每1mlTRIZOL试剂裂解的样品中加入至少1ml的75%乙醇（75%乙醇用DEPCH2O配制），清洗RNA沉淀。混匀后，4℃下7000rpm离心5分钟。
⑤RNA干燥 小心吸去大部分乙醇溶液，使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。
⑥溶解RNA沉淀 溶解RNA时，先加入无RNA酶的水40μl用枪反复吹打几次，使其完全溶解，获得的RNA溶液保存于-80℃待用。
2 RNA质量检测
1）紫外吸收法测定
先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零。然后取少量RNA溶液用TE稀释（1:100）后，读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值，测定RNA溶液 浓度和纯度。
① 浓度测定
A260下读值为1表示40 µg RNA/ml。样品RNA浓度(µg/ml)计算公式为：A260 ×稀释倍数× 40 µg/ml。具体计算如下：
RNA溶于40 µl DEPC水中，取5ul，1:100稀释至495µl的TE中，测得A260 = 0.21
RNA 浓度= 0.21 ×100 ×40 µg/ml = 840 µg/ml 或 0.84 µg/µl
取5ul用来测量以后，剩余样品RNA为35 µl，剩余RNA总量为：
35 µl × 0.84 µg/µl = 29.4 µg
②纯度检测
RNA溶液的A260/A280的比值即为RNA纯度，比值范围1.8到2.1。
2）变性琼脂糖凝胶电泳测定
①制胶
1g琼脂糖溶于72ml水中，冷却至60℃，10 ml的10× MOPS电泳缓冲液和18 ml的37% 甲醛溶液(12.3 M)。
10×MOPS电泳缓冲液
浓度  成分
0.4M  MOPS，pH 7.0
0.1M  乙酸钠
0.01M  EDTA
灌制凝胶板，预留加样孔至少可以加入25 µl溶液。胶凝后取下梳子，将凝胶板放入电泳槽内，加足量的1×MOPS电泳缓冲液至覆盖胶面几个毫米。
②准备RNA样品
取3µgRNA，加3倍体积的甲醛上样染液，加EB于甲醛上样染液中至终浓度为10µg/ml。加热至70℃孵育15分钟使样品变性。
③电泳
上样前凝胶须预电泳5min，随后将样品加入上样孔。5–6V/cm电压下2h，电泳至溴酚兰指示剂进胶至少2–3cm。
3,待测样品的待测基因实时定量PCR
①所有cDNA样品分别配置实时定量 PCR反应体系。
体系配置如下：
序号  反应物  剂量
1  SYBR Green 1 染料   10 ul
2  上游引物  1ul
3  下游引物  1ul
4  dNTP   1ul
5  Taq聚合酶  2ul
6  待测样品cDNA  5ul
7  ddH2O   30ul
8  总体积  50 ul
轻弹管底将溶液混合，6000rpm短暂离心。
②将配制好的PCR反应溶液置于Realtime PCR仪上进行PCR扩增反应。反应条件为：93℃2分钟预变性，然后按93℃ 1分钟，55℃1分钟，72℃1分钟，共40做个循环，*后72℃7分钟延伸。
4, 实时定量PCR使用引物列表
引物设计软件：Primer Premier 5.0，并遵循以下原则：引物与模板的序列紧密互补；引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构；引物不在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即错配)。