红外显微镜（布鲁克红外显微镜）在生物学中的应用范围有一定局限。当用可见光观察不透明的某些物体时，在较溉的红外光区域就会变得透明，这种效应已经被用于研究在某些昆虫中发现的渗入黑色素的甲壳质层。
红外显微镜是一种利用波长在800nm到20μm范围内的红外光作为像的形成者，用来观察某些不透明物体的显微镜。这种显微镜在生物学中的用途远远比不上紫外光显微镜。
在红外显微镜中通常使用白炽灯照明，很多白炽灯能够发射比可见光更多的红外光，在这里色温是一个重要的参数。当灯丝的温度为24000K时，*大发射是在光谱的1200nm处左右。当温度为33000K时，*大发射在光谱的800nm处左右。使用特殊的滤光片就可以分离出所要求波长的红外线。红外光像的观察和聚焦可以使用像转换器或专门设计的电视扫描管来进行。
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