产品详情
  • 产品名称:Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒

  • 产品型号:10911YB25
  • 产品厂商:YBscience
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简单介绍:
Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒是一款简单、快速、高效的DNA定向克隆产品,该试剂盒可以将PCR产物定向克隆至任意载体的任意位点,可高效克隆50 bp~10 kb片段。将载体在克隆位点进行线性化,并在插入片段PCR引物5’端引入线性化克隆载体末端序列,Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒使得插入片段PCR产物5’和3’*末端分别带有和线性化克隆载体两末端对应的完全一致的序列 (15 bp~25 bp)。
详情介绍:

Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒

产品描述
Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit是一款简单、快速、高效的DNA定向克隆产品,该试剂盒可以将PCR产物定向克隆至任意载体的任意位点,可高效克隆50 bp~10 kb片段。将载体在克隆位点进行线性化,并在插入片段PCR引物5’端引入线性化克隆载体末端序列,使得插入片段PCR产物5’和3’*末端分别带有和线性化克隆载体两末端对应的完全一致的序列 (15 bp~25 bp)。将这种两端带有载体末端序列的PCR产物和线性化克隆载体按一定比例混合,在重组酶的催化下,仅需反应15 min即可进行转化,完成定向克隆。克隆阳性率可达95%以上。克隆载体酶切产物或PCR产物和插入片段PCR产物可以不进行DNA纯化直接用于重组克隆,极大的简化了实验步骤。
试剂盒中2×Hieffclone Enzyme Premix预混了重组酶和重组反应所需缓冲液,并添加了独特的重组增强因子,可显著提高重组克隆效率,即便使用低效率感受态细胞 (107cfu/μg)也可实现高效克隆 (100cfu/ng Vector),重组体系还兼容常规酶切、PCR反应体系。
该试剂盒可用于快速克隆、高通量克隆、无缝克隆和DNA定点突变。
Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒运输与保存方法
冰袋(wet ice)运输。产品-20 ºC保存,有效期1年。
实验流程
Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒实验流程概览
1)线性化克隆载体制备;
2)插入片段扩增引物设计;
3)插入片段PCR扩增;
4)进行重组反应;
5)反应产物转化、涂板;
6)克隆鉴定。
 



 
图一 实验流程概览
Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒1. 制备线性化克隆载体
选择合适的克隆位点,并对克隆载体进行线性化。推荐您尽量选择无重复序列且GC含量均匀的区域进行克隆。当载体克隆位点上下游25 bp区域内GC含量均在40%~60%范围之内时,重组效率将达到*大。
线性化载体可通过限制性内切酶酶切(单酶切或双酶切)或反向PCR扩增获得。
A.酶切制备线性化克隆载体
双酶切线性化:线性化完全,转化背景 (假阳性克隆) 低。推荐使用。
单酶切线性化:线性化程度较差。可适当延长酶切时间以降低转化背景。
【注】: Hieff CloneTM重组反应体系内无DNA连接酶,不会发生载体自连反应。因此,即使是以单酶切方式制备的线性化载体也无需进行末端脱磷酸处理。重组产物转化后出现的假阳性克隆 (无插入片段) 是由未线性化环状载体转化而形成的。如这种假阳性克隆比例较高,应重新制备线性化克隆载体。
 Hieff CloneTM重组反应体系兼容几乎所有的酶切反应体系。克隆载体酶切产物加热失活内切酶(参见内切酶使用说明书,例如Hind III,65孵育20 min完全失活)后可直接用于重组反应。
B.反向PCR扩增制备线性化克隆载体
推荐您使用高保真聚合酶进行载体扩增 (HieffTM Pfu DNA Polymerase,Cat No. 10113ES60) 以减少扩增突变的引入。PCR扩增模板应尽量使用预线性化质粒,以防止残留环状质粒模板对克隆阳性率的影响。
Hieff CloneTM重组反应体系兼容常规PCR反应体系。因此,如扩增模板为预线性化质粒且PCR产物电泳条带单一,扩增产物可以无需纯化直接用于重组反应。
克隆载体酶切产物或PCR 扩增产物DNA 纯度较低且有可能含有未线性化环状质粒,直接使用进行重组反应时,重组效率、克隆阳性率都会有所降低。因此,在进行较大片段(>5kb) 克隆时,我们推荐您使用高质量的试剂盒对线性化克隆载体进行胶回收纯化,以提高DNA 纯度并去除一部分未线性化的环状载体 (其电泳位置不同于线性化克隆载体)。不同方式制备的线性化克隆载体的使用方式可查阅表一。


表一:线性化克隆载体的使用方式
线性化载体制备方式
模板类型
快速实验方案
*佳实验方案
酶切消化制备
环状质粒
加入失活内切酶后直接使用
胶回收
PCR制备
扩增特异
环状质粒
DpnI消化后直接使用(降解扩增模板)
胶回收或DpnI消化后胶回收
预线性化质粒、基因组、cDNA
直接使用
胶回收
有明显非特异性扩增
胶回收
Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒【注】:直接使用酶切产物或扩增产物进行重组反应时,使用体积不应超过4μl(重组反应总体积的1/5)。
2. 制备PCR产物
2.1设计扩增引物
Hieff CloneTM引物设计总的原则是:通过在引物5’端引入线性化克隆载体末端同源序列,使得插入片段扩增产物5’和3’*末端分别带有和线性化克隆载体两末端对应的完全一致的序列 (15 bp~25 bp)。
正向扩增引物设计方式:
5’——上游载体末端同源序列+基因特异性正向扩增序列——3’
反向扩增引物设计方式:
3’——基因特异性反向扩增序列+下游载体末端同源序列——5’
基因特异性正/反向扩增序列即常规插入片段正/反向扩增引物序列;
上游/下游载体末端同源序列为线性化克隆载体*末端序列(用于同源重组)。
以pUC18作为克隆载体为例,引物设计方案如图二所示。
 
 
 


 
图二 重组引物设计方案
【注】:如*终引物长度超过40bp,我们推荐您在引物合成时选用PAGE纯化,可提高克隆成功率。计算扩增引物退火温度时,只需计算基因特异性扩增序列的Tm值,载体末端同源序列不应参与计算,为了得到高效率克隆,建议Tm≥48
2.2 插入片段PCR扩增
插入片段可用任意PCR酶 (Taq酶或高保真酶) 扩增,无需考虑产物末端有无A加尾 (重组过程中将被去除,在*终载体中不会出现)。我们推荐您使用高保真聚合酶进行扩增(HieffTM Pfu DNA Polymerase,Cat No. 10113ES60),以减少扩增突变的引入。
PCR结束后,取少量产物进行琼脂糖电泳以检验扩增产量和特异性。Hieff CloneTM重组反应体系兼容常规PCR反应体系。因此,如扩增模板不是与克隆载体抗性相同的环状质粒,且PCR产物电泳条带单一,扩增产物可以无需纯化直接用于重组反应。
PCR扩增产物DNA纯度较低,直接使用进行重组反应时,重组效率、克隆阳性率都会有所降低。因此,在进行较大片段 (>5 kb) 克隆实验时,我们推荐您使用高质量的试剂盒对扩增产物进行胶回收纯化以提高DNA纯度。插入片段扩增产物的使用方式可查阅表二。
表二:扩增产物推荐使用方式
PCR扩增情况
PCR模板类型
快速实验方案
*佳实验方案
扩增特异
与克隆载体抗性相同的环状质粒
DpnI消化后直接使用*
胶回收或DpnI消化后胶回收
预线性化质粒、基因组、cDNA
直接使用
胶回收
有明显非特异性扩增
胶回收
【注】:直接使用扩增产物进行重组反应时,使用体积不应超过4μl(重组反应总体积的1/5)。
*当线性化克隆载体为酶切制备时,插入片段扩增产物经DpnI消化结束后应置于85加热20 min将DpnI 失活,以避免重组反应时残留DpnI 对克隆载体的降解。
3. 重组反应
3.1 配制反应体系
于冰水浴中配制如下反应体系。如果不慎将液体粘在管壁,可通过短暂离心使其沉入管底。
ddH2O Up to 20 μl
2×Hieffclone Enzyme Premix 10 μl
线性化克隆载体 50~200 ng
插入片度扩增产物 20~200 ng
Hieff CloneTM重组反应体系*适克隆载体使用量为0.03 pmol;*适克隆载体与插入片段摩尔比为1:21:3,即*适插入片段使用量为0.060.09pmol。这些摩尔数对应的DNA质量可由以下公式粗略计算获得:
*适克隆载体使用量 = [0.02×克隆载体碱基对数]ng (0.03 pmol)
*适插入片段使用量 = [0.04×插入片段碱基对数]ng (0.06 pmol)
or = [0.06×插入片段碱基对数]ng (0.09 pmol)
例如,将长度为2 kb的插入片段克隆至长度为5 kb的克隆载体时,克隆载体的*适使用量应为:0.02 × 5000 = 100 ng; 插入片段*适使用量应为:0.04 × 2000 = 80 ng。


Hieff CloneTM Plus One Step Cloning Kit 一步法快速克隆试剂盒【注】:  当插入片段≤200bp时,*佳*适克隆载体与插入片段摩尔比为≥1:5。
 当插入片段长度大于克隆载体时,*适克隆载体与插入片段使用量的计算方式应互换,即将插入片段当做克隆载体/克隆载体当做插入片段进行计算。
 线性化克隆载体的使用量应在50~200 ng之间;插入片段扩增产物的使用量应在20~200 ng之间。当使用上述公式计算DNA*适使用量超出这个范围时,直接选择*低/*高使用量即可。例如,插入片段长度为100 bp,*适使用量计算值为 4 ng,实际反应体系内使用量应为插入片段扩增产物*少使用量 20 ng。
 线性化克隆载体和插入片段扩增产物不进行DNA纯化直接使用时,加入总体积应不超过反应体系体积的1/5,即4 μl。
 试剂盒中提供500 bp control insert (25 ng/μl) 和pUC19control vector, linearized (50 ng/μl) 各5 μl,需要时可进行阳性对照反应,每次反应各加1 μl。
3.2 重组反应
1)体系配制完成后,用移液器上下轻轻吹打几次混匀各组分,避免产生气泡 (请勿剧烈震荡或者涡旋混匀) 。
2)置于50反应15 min。
【注】:当插入片段>5kb时,可将孵育温度延长至20min。
3)待反应完成后,立即将反应管置于冰水浴中冷却5 min。
4)反应产物可直接进行转化;也可储存于-20,待需要时解冻转化。
【注】:我们推荐您在PCR仪或者水浴锅等温控比较**的仪器上进行反应。
4. 重组产物转化、涂板
1)取5 μl冷却反应液,加入到100 μl感受态细胞中,轻弹管壁数下混匀,在冰上放置30 min。
2)42热激45~90秒,冰水浴孵育2 min。
3)加入900 μl SOC或LB培养基,37孵育10 min充分复苏。37摇菌45 min。
4)取100 μl菌液均匀涂布在含有适当***的平板上。将平板倒置,于37过夜培养。
【注】:我们推荐您使用转化效率>10cfu/μg的感受态细胞。如果感受态转化效率<108 cfu/μg(例如用CaCl2法新鲜制备的感受态转化效率通常在106-107 cfu/μg之间) ,请将培养菌液在5000 rpm离心3 min收集菌体,用100 μl LB培养基重悬后全部涂板。
5. 克隆鉴定
*方便快捷的方法是菌落PCR。用无菌的枪头或牙签将单个菌落挑至20~50 μl LB 培养基中混匀,直接取1 μl作为PCR模板。
我们推荐您至少用一条通用测序引物进行菌落PCR,这样可以避免PCR假阳性的产生。
将PCR阳性菌落的剩余菌液接种至含有适当***的LB培养基中培养过夜,提取质粒做后续的鉴定。
 


附录
 
线性化克隆载体和插入片段扩增产物浓度测定
将线性化克隆载体和插入片段扩增产物做数个等体积稀释梯度,原始产物和稀释后产物各取1 μl进行琼脂糖电泳,与DNA分子量标准 (DNA Marker)比较条带亮度以确定其近似浓度(绝大多数DNA分子量标准都有确定的DNA浓度)。由图可知,pUC19酶切产物DNA浓度约为100 ng/μl;扩增产物DNA浓度约为400 ng/μl。
 
 
MDNA Marker III。上样5 μl,除1.2 kb条带为100 ng以外,其余条带DNA量均为50 ng。可见,pUC19酶切产物稀释一倍后上样1 μl,条带亮度与相近大小Marker条带3.0 kb亮度相似 (图中橙色框标记)因此pUC19酶切产物DNA浓度约为 50 ng × 2 =100 ng/μl扩增产物稀释七倍后上样1 μl,条带亮度与相近大小Marker条带0.5 kb亮度相似 (图中绿色框标记)因此扩增产物DNA浓度约为50 ng × 8 = 400 ng/μl
 

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