在新一代显微镜中，具备了多种功能，能进行多种显微镜检方法观察，正确的试调方法和使用方法就显得尤为重要。下面以万能研究显微镜为例，简述调试及使用方法。
1.显微镜照明光路系统的调整
为了使显微镜的视野能受到均匀而又充分的照明，在显微镜初次安装和调试时，就必须把照明光路系统调整好，这是正确使用显微镜，并获得正确、可*结果的重要手段和*基本的要求。此外，正确掌握照明光路系统的调整，是使用显微镜过程中更换光源灯泡后所必经的步骤，也是在日常使用过程中不时地检验显微镜性能的必要手段。显微镜照明光路系统的调整主要有以下4项内容：
(1)照明光源灯室在显微外的初步调整
①首先将灯室的外壳打开，压弹簧夹子将卤素灯泡装入插座中，安装时避免手指直接接触灯泡(可用柔软的布或纸隔住)，以免灯泡上留有指纹等脏物，影响灯泡的使用寿命。
②把灯室摆在桌面上，接通电源后，用专用的螺丝刀调节灯的调焦旋钮孔(标有“←→”)，使灯丝投影在1-2m外的墙上，将灯丝成像调至清晰;然后调节灯的高低位置调节丝孔(标有“──”)，使灯丝位置高低适当;再调节灯的左右位置调节螺丝孔(标有“──”)，使灯丝左右位置合适。
(2)光源发光体(灯丝)在显微镜内位置的检验和校正目的是为了把发光体的像端端正正地调入物镜的视域范围内，从光源的角度去确保显微镜的视域受到充分而均匀的照明，这是调整库勒照明系统的前提条件。需要的基本工具：对中望远镜购置显微镜时已配备。
①拔掉灯库内的毛玻璃套筒，把灯室装回显微镜上;
②选用10×物镜，开亮光源程序找样品并调焦清晰，再换用40×物镜把样品调焦清晰(40×物镜可以看清灯丝的全貌);
③把聚光镜的孔径光阑和视场光阑均开到*大;
④拔掉其中一个目镜，换上对中望远镜，抓住白色部分，另一手伸缩黑色接目镜，就可在视野中看到灯丝像;
⑤如灯丝位置不合适，调“──”孔，把灯丝像沿水平方向调好，调“──”孔，把丝像沿垂直方向调好，直至将灯丝像调至刚好充满物镜孔径的光圆像;
⑥调整完毕后，将毛玻璃套筒插回原位，拔掉对中望远镜，换回目镜作下一步调整。以上所述照明光源灯室在显微镜外的调整和光源发光体在显微镜内位置的校验，只需在显微镜初次安装调试及更换灯泡时进行，平时使用显微镜时不能随意乱调乱动。万一调乱时，可按上述步骤调回原状。
(3)库勒照明(Kohler)系统的正确调整显微镜的正确调试，主要工作之一是照明光路系统的调整，而其中的关键是库勒照明系统的调整。对于每一位使用显微镜的人员，特别是作显微照像的人员来说，应该对库勒照明系统的原理及其调整步骤有一定的了解和掌握，才能充分发挥显微镜应有的功能，拍出来的照片才能在效果上比较一致而又完善。
库勒照明系统的原理简单来说就是：光源发光体上任意一点发出的光，可以照明显微镜的视域范围，而光源发光体上每一点所发出的光汇集起来，在显微镜的视域中就实现了非常充分而又均匀的照明。调整库勒照明系统的目的，是为了使所观察的视域能获得均匀而又充分的照明，防止杂散光对照像系统造成影响或干扰，以免照像时在底片形成灰雾。高调整库勒照明系统的必要部件：视场光阑、可进行合轴调整的聚光镜系统。
①选用10×物镜和10×目镜;
②把聚光镜前端透镜摆进光路中，孔径光阑调至适中的位置上(不大不小)，再把聚光镜升到*顶的位置上，聚光镜转盘调至明视野“J”位置;
③把视场光阑调至*小(0.1);
调整方法：暗视野法的主要必需部件是暗视野聚光镜。使用时须先用明视野聚光镜把库勒照明系统调整好。换上暗视野聚光镜时，要把载玻片(样品)移开，将浸没油滴在聚光镜顶部，再把样品载玻片搁在物台上，浸没油便充填在两者之间，这种聚光镜须与装有可变光阑的100×油镜配用。另一种中倍率干式暗视野聚光镜可与中倍率的物镜配用，这种聚光镜具有中央光挡，照明光只能透过光档与聚光镜边缘之间的透光环才能进入聚光镜内。对于配备齐全的相差显微镜，与编号为Ph3物镜配用的相差聚光镜相差环，可以和10×及10×以下的相差物镜配用而形成低倍率的暗视野效果