酶标仪的分类根据通道分：酶标仪可分为单通道和多通道2种类型，单通道又有自动和手动2种之分.自动型的仪器有X,Y方向的机械驱动机构,可将微孔板L的小孔一个个依次送入光束下面测试,手动型则靠手工移动微孔板来进行测量. 在单通道酶标仪的基础上又发展了多通道酶标仅,此类酶标仅一般都是自动化型的.它没有多个光束和多个光电检测器,如12个通道的仪器设有 12条光束或 12个光源,12个检测器和12个放大器,在X方向的机械驱动装置的作用下,样品12个为一排被检测.多通道酶标仪的检测速度快,但其结构较复杂价格也较高.
根据波长分：滤光片酶标仪（波长固定的滤光片，如：405，450，490，630NM)，连续波长酶标仪（波长连续可调，一般递增量为1nm）。
根据功能分：带紫外功能的酶标仪， 带荧光功能的酶标仪
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