1.测量波长为预设固定，不能连续可调，虽说有些机型可以更换（通过更换滤光片或发光二极管），但对于用户来说仍嫌繁琐，遇到测量超出仪器通道数的元素种类或要检测不同合金材料时，尤其不方便。有些厂商根据所测材料的典型元素，预设特定波长的光源，就将其命名为什么铜合金、铝合金分析仪，但不能从根本上解决问题。
2.测量光源大多为直流灯泡加滤光片或冷光源发光二极管，其波长准确度较差。直流灯泡加滤光片方式其波长精度取决于滤光片，干涉滤光片由于价格昂贵很少应用于元素分析仪，而元素分析仪大多应用的截止型等滤光片，效果*好的也只能达到±15nm。采用发光二极管的波长准确度取决于使用的二极管，大多误差范围在20～30nm,少数采用专门订做的误差为±5nm，但不是400～860nm范围内的所有波长都可以订做到，使得某些特定元素的测量遇到困难。