据中山大学的赵博士推荐,基因表达芯片也能通过一些简单的操作而重复使用。
项目:让基因表达芯片重复使用
背景:芯片是一种高通量分析基因表达的有力工具。然而,芯片价格高,且需要重复实验来获得有意义的统计显著性,这些限制了它们的应用。为了解决这些问题,我们应用了一种基于RNaseH的剥离技术,从而降低了每个芯片的费用。
方法改进:我们培养了HUVEC细胞,并利用RNA提取试剂分离出总RNA。RNA经扩增、标记和纯化后,分为三份,用于后续的杂交。RNA片段化之后,750ng Cy-5标记的HUVECRNA和Cy-3标记的参考RNA在65°C与人基因组寡核苷酸芯片杂交。芯片过夜孵育,然后洗涤。
在500 μl**链缓冲液中加入100 U RNaseH,配制成剥离缓冲液,并加入用过的芯片中。芯片在37°C过夜孵育,转动速率为4rpm。RNA降解之后,在55°C孵育30分钟,灭活RNaseH,然后洗涤并空气干燥。剥离后的玻片放置在暗处,留待后用。
结果:经过多次实验,我们发现,经过RNaseH的剥离处理,结合的RNA能被完全洗脱。**次及剥离后再次使用的芯片上的基因表达谱相似,且背景无显著增加。