来自美国Dana-Farber癌症研究所等机构的研究人员近日开发出一种大规模并行测序的策略，可对FFPE肿瘤样本进行癌基因的图谱分析。在美国临床肿瘤学会的年会上，Dana-Farber的肿瘤学家NikhilWagle报告了这一策略。
这种新策略是建立在一种称为OncoMap的质谱方法上。两年前，Dana-Farber的研究人员曾在《PLoSONE》上描述了这种突变分析平台，它绘制出33个癌基因或肿瘤抑制基因中的约400个突变。
Wagle认为，尽管这种方法很有用，但它也存在一些局限。比如，它只能检测少数基因中的已知突变。尽管它能够检测点突变，但是在寻找小的插入和缺失时却能力有限，也会遗漏一些染色体扩增和缺失。
为了克服这些问题，研究人员提出了一种高通量的测序方法，从肿瘤中分离出基因组DNA，并生成带有条形码的Illumina测序文库。研究人员随后利用安捷伦的SureSelect捕获系统来捕获癌基因序列，之后测序。
NikhilWagle和他的同事在10种癌细胞系中检测了这种方法，并发现了SNP、插入缺失、染色体扩增和缺失。例如，在MDA-MB-231乳腺癌细胞系中，研究小组检测到CDKN1A扩增，以及JAK2和CDKN2A的缺失，这些改变随后经芯片分析验证。
之后，研究小组准备做一个试验性的研究，他们利用了10个乳腺癌和结肠癌的FFPE样本以及2个对照样本，产生了覆盖目标基因的序列，平均深度为102倍。他们鉴定出大量突变，包括KRAS、PIK3CA、TSC1及BRCA1的改变。此外，他们将试验性研究的数据与OncoMap的结果相比较，发现这种新方法有着极高的灵敏度和特异性。
Wagle认为，这种方法在肿瘤生物学研究以及转化分析上都有着潜在应用。他们曾开展过一个黑色素瘤的耐药性研究，利用定向癌基因测序方法追踪到一个与**相关的突变，此突变上调了MEK1激酶活性，使得个体耐受PLX4032这种****。
在随后的讨论环节，麻省总医院的病理学家JohnIafrate对这种应用大规模并行测序进行多重癌基因突变分析的方法发表了评论。他认为，这种类型的数据将为临床试验开辟新机会。不过，Iafrate也提到，高通量测序方法若想成为临床条件下分析肿瘤的常规方法，还必须解决几个问题，包括临床验证，肿瘤组织的大小和质量，以及符合监管的规定等。