Solexa GA II高通量测序仪原理同Illumina Hiseq 2000，是基于单分子簇的边合成边测序技术，它基于专有的可逆终止化学反应原理。
利用Solexa GA II测序时，首先将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面(即Flow cell)，这些dn**段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS(边合成边测序)技术对待测的模板DNA进行测序。测序通量较Hiseq 2000低，一个run测序可产生50Gb数据，一次可以运行可独立测试8个样品。应用范围包括基因组de novo测序，基因组重测序，转录组测序，小RNA测序，ChIP-Seq测序，甲基化测序等。
