在加拿大的多伦多大学，Andrei Drabovich和Eleftherios Diamandis采用另一种不同的方法来对付低丰度蛋白。他们利用组合肽段文库(CPL)来开发分析，这项成果发表在2010年3月的《JouRNAl of Proteome Research》上。
肽段文库帮助标准化样品中存在的蛋白丰度，从而富集低丰度蛋白，而排除高丰度蛋白。之后，样品可通过质谱分析。这听上去有些复杂，不过记住一点，文库中有一种配体能与特异蛋白结合。Drabovich解释：“我们假设有两种特异蛋白：一种非常高丰度的蛋白和一种非常低丰度的蛋白。当我们将这种组合文库加入样品时，这些配体与蛋白结合，特异配体的拷贝数相同。然而，高丰度蛋白将过饱和配体，因此大部分都不会结合，而低丰度蛋白将几乎全部与配体结合，因为配体数量是相同的。”之后，经过后一步的洗脱，研究人员将得到相同数量的高丰度和低丰度蛋白。
利用这种方法，Drabovich寻找了血清、癌细胞裂解液、以及卵巢癌和前列腺癌患者血液中的低丰度蛋白，试图找到其他方法无法发现的蛋白标志物。
Drabovich谈到：“这种技术可回答多个问题，找到诊断、预后和监控**反应的生物标志物。这是整个探索过程的**步。”尽管组合肽段文库的理念不能分离某一种特定蛋白，但是能够富集它们，之后再用质谱或其他方法进行分析。
利用这种方法，他们在卵巢癌腹水中鉴定出总共484个独特蛋白，其中216个为低丰度蛋白。其中74个蛋白之前未曾描述过。CPL的处理使得鉴定出的低丰度蛋白要多得多，并为多反应监测(mem)分析的开发提供了重要的信息。利用多反应监测，他们确定了一组卵巢癌腹水中五种蛋白的相对量。
