罗氏NimbleGen新推出针对细胞遗传学的NimbleGen CGH ISCA Plus细胞遗传学芯片。细胞遗传学研究在发育异常及肿瘤研究中都占有重要地位,其主要研究内容为染色体异常现象,包括拷贝数改变(Copy Number Variation, CNV)以及杂合性丢失(Loss of Heterozygosity, LOH)。这款新产品拥有420万个DNA探针,包含有检测CNV的CGH探针以及检测LOH的SNP探针,可同时亦高分辨率地检测CNV及LOH。不需要任何实验流程的改变,就可以完成同时两种测试。
该款芯片包含了来自ISCA, OMIM, Decipher等多个遗传性**数据库,广泛的细胞遗传学研究内容。
针对418种的**相关区域进行设计,包括ISCA, OMIM, Decipher数据库的4200种基因:
■ 含有约50万个CGH探针,CNV分辨率可达15-20Kb
■ 通过64000个snp探针检测LOH,分辨率达到5Mb
■ 一张芯片可检测多个样本,降低实验成本
在数据分析方面,该产品配有不同的设计文件,可以以不同CNV及LOH分辨率解读芯片实验结果,并参照ISCA数据库进行分析,如ISCA 44k,ISCA 60K,ISCA 105K,ISCA 180K,可以根据研究需要进行选择。芯片可使用Deva、Nexus Copy Number Analysis 软件进行分析,按照不同设计文件进行数据储存及处理,获得图形化的CNV、LOH分析结果,并可与Decipher, 、ISCA 等数据库相连,生成细胞遗传学报告。
该芯片实验的优势在于快速、高分辨率地检测全基因组水平的染色体异常情况。相比传统的染色体分型、原位杂交方法,更加高效,同时还可为每个样本选取合适的对照,如肿瘤组织样本与正常组织样本进行对比,出生缺陷儿童的样本与其正常父母样本进行直接比较。