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蛋白质组学的样品制备
通常可采用细胞或组织中的蛋白质组学分进行蛋白质组分析。也可以进行样品预分级,即采用各种方法将 细胞或组织中的全体蛋白质分成几部分,分别进行 蛋白质组研究。样品预分级的主要方法包括根据蛋白质溶解性和蛋白质在 细胞中不同的细胞器定位进行分级,如专门分离出细胞核、 线粒体或 高尔基体等细胞器的蛋白质成分。样品预分级不仅可以提高低丰度蛋白质的上样量和检测,还可以针对某一 细胞器的蛋白质组进行研究。
对临床组织样本进行研究,寻找 疾病标记,是蛋白质组学研究的重要方向之一。但临床样本都是各种 细胞或组织混杂,而且状态不一。如肿瘤组织中,发生癌变的往往是上皮类 细胞,而这类细胞在肿瘤中总是与血管、 基质细胞等混杂。所以,常规采用的癌和癌旁组织或肿瘤与正常组织进行差异比较,实际上是多种 细胞甚至组织蛋白质组混合物的比较。而蛋白质组研究需要的通常是单一的细胞类型。近在组织水平上的蛋白质组样品制备方面也有新的进展,如采用激光捕获微解剖(Laser Capture Microdissection, LCM) 方法分离癌变上皮类细胞。
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