1. 按照定位级别分类。可以分为学生级、实验级、研究级生物显微镜。
2. 按照目镜的个数分类。可以分为单目型、双目型、三目型生物显微镜。
3. 按目镜和移动台的相对位置分类。可以分为正置生物显微镜和倒置生物显微镜。正置(常规)生物显微镜的物镜在移动台的上方，倒置生物显微镜的物镜在移动台的下方。
4. 按成像原理分类。可以分为光学生物显微镜和电子生物显微镜。
光学显微镜主要由目镜、物镜、载物台和反光镜(集光镜)组成。目镜和物镜都是凸透镜，焦距不同。物镜的凸透镜焦距小于目镜的凸透镜的焦距。物镜相当于投影仪的镜头，物体通过物镜成倒立、放大的实像。目镜相当于普通的放大镜，该实像又通过目镜成正立、放大的虚像。经显微镜到人眼的物体都成倒立放大的虚像。
电子显微镜是根据电子光学原理，用电子束和电子透镜代替光束和光学透镜，使物质的细微结构在非常高的放大倍数下成像。由于电子束的波长远远小于可见光的波长，所以即使电子束的锥角仅为光学显微镜的1%，电子显微镜的分辨本领仍远远优于光学显微镜。光学显微镜的* 大放大倍率约为2000倍，而现代电子显微镜* 大放大倍率已经超过了300万倍
