染色质**共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是指利用ChIP技术与高通量测序相结合,特异富集出与目的蛋白结合的DNA片段,再进行测序分析,将所得序列标签还原到全基因组的相应位点。常用于研究全基因组范围内转录因子作用位点,组蛋白与DNA分子的互作信息。 技术路线:首先通过染色质**共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。
图 Peak在功能元件的分布图
样本接收: 一、ChIP样品。样本量:m≥20 ng;浓度:c≥ 1 ng/μL;纯度:OD260/280≥1.8~2.0
实验方案:
信息分析项目: 一、标准信息分析 1、去接头污染,去低质量reads和产量情况统计; 2、ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对; 3、ChIP 测序 Reads 在全基因组的分布; 4、统计ChIP测序数据富集区域 ( Peak ) 的信息; 5、Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析; 二、**信息分析 1、不同表达水平的基因在TSS附近区域的 reads 富集程度。 三、根据客户需求进行个性化分析
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