传统的2D-LC使用的是离子交换（IEX）和反相（RP）色谱。所有IEX方法都要使用含盐的缓冲剂，如果缓冲剂进入了质谱仪（MS），可能会引起电离背景和污染问题。由于IEX分离仅基于肽类的电荷，IEX维度常常导致较差的色谱分离度，这时肽类会以多种馏分的形式出现，使数据解析变得非常困难。
这一改进的2D方法在**维度使用pH为10的RP，然后在**维度使用pH为2的RP，得到了远远好于传统IEX方法的结果。
通过2D-LC分离获得了越来越多的准确鉴定结果。我们可以看到更多基于2D-LC的可重现蛋白质鉴定。
当**维度使用离子交换作为分离方法时，可能会导致分离度较差和馏分间的流失。在**步使用高分离度技术支持，可确保在*后一步为您提供更丰富的信息。在pH为10的条件下使用反相色谱，接着在较低pH条件下利用亚2 μm颗粒技术进行分离，可获得有用的正交分离结果，并生成高质量的数据。
在此分离中，通过分析大肠杆菌的胰蛋白酶消化物证实了2D-LC分离复杂蛋白质组学样品的能力。通过在一个维度中使用ACQUITY®UPLC M-Class，在色谱柱上加载0.5 µg样品进行分离，从而在2874种肽中鉴定出365种蛋白质。添加2.5 μg样品至2D-LC系统，分别通过5步和10步分离鉴定出7661种和9415种肽。
2D-LC可实现：