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生物大分子结构与功能(2)-混匀仪技术文章
生物大分子结构与功能(2)-混匀仪技术文章
生物大分子结构与功能(2)-混匀仪技术文章
三、蛋白质的超二级结构(motif 译作花样或模体) </b></FONT></P><
><P><FONT size=2></FONT></P><FONT size=2><FONT size=2> 若干二级结构可以特殊的几何组合出现在蛋白质结构中,这些组合起来的结构单元称作超二级结构或花样。超二级结构可与某些特殊的生物功能相联系,也可仅作为结构的组装块。(block building)</FONT>
<P><FONT size=2>l 、α-环-α花样 (helix-loop/turn-helix)
α-环-α花样是含有两个α-螺旋,并以一个环区域相连接的具有特殊功能的超二级结构。在已知的蛋白质结构中观察到两种这样的花样,一种是DNA结合花样,另一种是钙结合花样又称EF手,每种都有自己的几何形状和所需的氨基酸残基序列。 </FONT></P><P><img src="http://swissmodel.expasy.org/course/images/IMG00104.GIF"></P><P><FONT size=2>
<img src="http://www.bioon.net/skins/default/filetype/jpg.gif">此主题相关图片如下:
<a href="http://www.bioon.net/showimg.asp?BoardID=28&filename=2004-9/2004914122017833.jpg" target="_blank" ><img src="http://www.bioon.net/showimg.asp?BoardID=28&filename=2004-9/2004914122017833.jpg"></A></FONT></P><P><FONT size=2>
EF手出现在来自肌肉的蛋白Parvalbumin(*早在这一蛋白中发现),troponin以及calmodulin等结构中,它们通过结合钙来调节细胞功能的变化。EF手提供了一个维持钙配基的支架用于结合和释放钙,这是人们在蛋白质结构中首先认识的功能花样之一。</FONT></P><P><FONT size=2> 关于EF hand 钙结合蛋白的数据库见</FONT><a href="http://structbio.vanderbilt.edu/cabp_database/cabp.html" target="_blank" ><FONT color=#000000 size=2>http://structbio.vanderbilt.edu/cabp_database/cabp.html</FONT></A><FONT size=2>,这个数据库收集了目前发现的所有EF-Hand Calcium-Binding Proteins 的序列、结构、功能及其他相关信息及它们在信号转导中的作用,同时提供分析工具。
2 、发夹β花样(β-环-β花样)
发夹β或β-环-β花样是两条反平行的β-链,通过一个环相连接构成的超二级结构,在蛋白质结构中频繁出现。Β-回折中相邻近的两条β链易形成这种发夹β花样。两条β链之间的环的长度不等,一般为2-5个残基。与α-环-α花样不同的是,发夹β花样无特殊的功能。</FONT></P><P><FONT size=2>
<img src="http://www.bioon.net/skins/default/filetype/jpg.gif">此主题相关图片如下:
<a href="http://www.bioon.net/showimg.asp?BoardID=28&filename=2004-9/2004914122325423.jpg" target="_blank" ><img src="http://www.bioon.net/showimg.asp?BoardID=28&filename=2004-9/2004914122325423.jpg"></A>
3 、希腊图案花样 (Greek Key)
四个邻近的反平行β-链通常被排列为类似于古希腊装饰图案,因此被称作希腊图案花样,常见于蛋白质结构中,但与特殊功能无直接关联。 </FONT></P><P><FONT size=2>
<img src="http://www.bioon.net/skins/default/filetype/jpg.gif">此主题相关图片如下:
<a href="http://www.bioon.net/showimg.asp?BoardID=28&filename=2004-9/200491411544092.jpg" target="_blank" ><img src="http://www.bioon.net/showimg.asp?BoardID=28&filename=2004-9/200491411544092.jpg"></A></FONT></P><P><FONT size=2><a href="http://images.google.com/imgres?imgurl=http://tuscanytrim.com/safari_6raven.jpg&imgrefurl=http://tuscanytrim.com/safari_7.html&h=195&w=235&sz=16&tbnid=WNjECgrUDy8J:&tbnh=86&tbnw=103&start=1&prev=/images%3Fq%3DGreek%2BKey%26hl%3Dzh-CN%26lr%3D%26ie%3DUTF-8%26newwindow%3D1" target="_blank" ><img src="http://images.google.com/images?q=tbn:WNjECgrUDy8J:tuscanytrim.com/safari_6raven.jpg"></A> 这是真正的希腊图案的式样,当然啦,还有很多变体。
4 、β-α-β花样 </FONT></P><P><FONT size=2><img src="http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/6_super_sec/bab.gif">
发夹花样通常用来连接两条反平行的β-链。如何连接两条平行的β-链?如果两条相邻块平行β-链的残基顺序是连续的,其连接部分必须处于β-回折的两端。多肽链必须依靠环区域转两次才能够使这两条链平行,依次为:β链-环1-α螺旋-环2-β链,这样的花样称为β-α-β花样。此花样在具有平行β-回折的每一种蛋白质结构中均存在。在这样的结构中,与β-链的羧基端和α-螺旋的氨基端相连的环1常含有功能性结合部位或活性部位,而另一个与β-链的氨基端和α-螺旋的竣基端相连的环2则尚未发现与活性部位有关。这种β-α-β花样可以认为是一个松散的螺旋圈,在已知的蛋白质结构中,基本上每一个β-α-β花样都是右手α-螺旋,因此被称作"右手"花样,对此尚无满意的解释。
转自生命科学论坛
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