荧光染料指吸收某一波长的光波后能发射出另一波长大于吸收光的光波的物质。大多是含有苯环或杂环并带有共轭双键化合物。
荧光染料的应用领域具体介绍如下：
1.**分析：荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、肿瘤基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。**荧光标记*常用的染料有异硫氰酸荧光素、藻红蛋白（PE）以及AlexaFluor系列染料等。
2.核酸检测：核酸荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中DNA、RNA的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。
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