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关于定量PCR在低浓度模板扩增时无目的产物

关于定量PCR在低浓度模板扩增时无目的产物

“GAPDH倒是在各个梯度都扩增出了产物。但是这次有些奇怪,目的基因的熔解峰值怎么比GAPDH的峰值高了那么多?不知是什么原因?”

如果你之前GAPDH的产物长度为250bp左右而现在为100bp左右的话很正常,因为Tm在长度一致的情况下GC含量起决定作用。如果长度没变过就要怀疑你**张图中看到的GAPDH峰是否是引物二聚体了。其实在有怀疑的情况下只要将产物跑个胶,只要产物长度正确就没事了。

至于你说的低浓度扩增不好的情况,这很正常。我觉得减小模板的稀释梯度是比较快捷的方式(比如4倍稀释)。退火温度降低1-2℃,在反应体系中加入氯化镁之类的虽然也可以尝试,但是比较麻烦。一般都是在普通PCR上先进行优化后再上定量的。但是我估计你用的是SYBR Green,这种染料对PCR本身有抑制作用,所以做好在定量PCR体系中直接摸索条件,但成本较高。还有一个可以尝试的办法就是换号些的酶,比如TAKARA的rTaq改成Ex Taq之类的。